Síť Francouzských aliancí vznikala na území Československa postupně od roku 1886. Velmi hustá byla na konci první Československé republiky. V roce 1938 fungovalo na území státu 77 aktivních poboček Francouzských aliancí. Ty však byly po invazi nacistických vojsk do Československa jedna po druhé uzavřeny.

Přestože byla po druhé světové válce tato síť Francouzských aliancí částečně obnovena, došlo na počátku padesátých let minulého století k jejímu úplnému zániku. Až teprve po Sametové revoluci se začala síť Francouzských aliancí v České republice, díky úsilí vynaloženému budoucími výbory státní správy, francouzským Ministerstvem zahraničních věcí a českými místními samosprávami působícími v jednotlivých krajích, opětně rodit z popela.

V současné době je v České republice 6 Francouzských aliancí, které postupně znovu otevřely své brány v období mezi léty 1990 a 2004. Nacházejí se v Brně, v Českých Budějovicích (Francouzská aliance Jižní Čechy), v Liberci, v Pardubicích, v Plzni a v Ostravě. V roce 2009 dosahoval počet studujících a navštěvujících Francouzské aliance souhrnně zhruba 3 tisíce osob.